Découvrez notre sélection des 9 meilleurs logiciels de comptabilité pour votre petite entreprise, ainsi que nos 4 conseils pour choisir le bon logiciel comptable.

Contenu

Qu'est-ce qu'un logiciel de comptabilité pour les PME et les TPE ?

Un logiciel comptable est un outil intelligent qui permet d’automatiser ou de simplifier des tâches clés, comme la saisie des écritures comptables, la génération des états financiers, le suivi des dépenses ou encore la gestion de la paie.

Les fonctionnalités proposées par les logiciels de comptabilité varient selon la taille de l’entreprise et les besoins de son service comptable. En principe, les PME optent pour des logiciels standardisés ou légèrement personnalisables, ce qui permet une prise en main rapide et offre une bonne évolutivité. Ce type de solution offre un bon compromis entre simplicité, performance et coût.

Découvrez notre compte professionnel

Les 9 meilleurs logiciels de comptabilité pour les PME et les TPE

Le choix d’un outil de gestion financière est au cœur d’un business plan solide. Heureusement, il existe sur le marché des options abordables avec des fonctionnalités avancées et personnalisables. Certains logiciels proposent même une intégration avec Finom, pour faciliter davantage votre gestion financière et comptable. À vous de choisir en fonction de vos ambitions et de la croissance envisagée pour votre petite entreprise !

1. Fred de la compta

Fred de la compta est une plateforme facilitant la mise en relation avec des experts-comptables spécialisés par secteur d'activité. Il propose de nombreux services, comme l'automatisation de la comptabilité et l'analyse des solutions informatiques de gestion.

Depuis 2023, Fred a élargi ses services. Il offre désormais des solutions unifiées pour la gestion informatique et le développement de connecteurs pour automatiser les flux comptables. Il permet également de mettre en place des ERP pour divers aspects de gestion d'entreprise.

Avantages :

  • tableaux de bord et personnalisation possibles
  • gestion comptable et gestion des immobilisations
  • mise en relation gratuite avec un comptable

Inconvénients :

  • peu de fonctionnalités additionnelles à la gestion comptable

2. SAGE

Depuis plus de 35 ans, SAGE propose des logiciels de gestion adaptés aux TPE et petites entreprises. Ces logiciels permettent de gérer les activités, de suivre les comptes fournisseurs et clients, de synchroniser les informations bancaires et de prendre en charge la TVA et la facturation.

L'outil peut contribuer à minimiser certaines erreurs associées aux méthodes de gestion manuelles et aux feuilles de calcul classiques. De plus, Sage Business Cloud Payroll est disponible pour la gestion de la paie.

Sage offre des fonctionnalités telles que la connexion bancaire, la saisie comptable et le respect des réglementations, dont le RGPD. En 2025, le prix de cette solution débute à 12,50 € HT par mois pour Sage Active Starter (indépendants et micro-entrepreneurs) et 35 € HT par mois pour Sage 50 (PME).

Avantages :

  • largement utilisé en France et dans le monde
  • très simple d’utilisation/interface ergonomique
  • plusieurs options en fonction de vos besoins (de la version basique à la version intégrale)

Inconvénients :

  • plus cher que certains concurrents

3. Sinao

Sinao est un outil de comptabilité en ligne qui facilite le suivi comptable. Il permet d'exporter la comptabilité, y compris les pièces comptables, en format FEC compatible avec l'administration fiscale. Les utilisateurs peuvent télécharger leur grand livre, gérer la comptabilité d'engagement ou de trésorerie, et consulter tous leurs documents en ligne.

En outre, Sinao offre une interface pour travailler en collaboration avec un comptable en lui donnant accès au compte. Le service aide également à anticiper les obligations de TVA et à suivre les objectifs financiers.

Avantages :

  • interface ergonomique facile à prendre en main
  • nombreuses fonctionnalités disponibles

Inconvénients :

  • nombre limité de factures

4. Pennylane

Plateforme de gestion financière tout-en-un, Pennylane propose la facturation, ainsi que la gestion de la trésorerie, de la comptabilité et de la comptabilité analytique. C’est un outil adapté aux start-ups, aux commerces en ligne et aux entrepreneurs.

Il est également possible de se faire accompagner par un expert-comptable pour toute question. Un avantage pour les entrepreneurs, souvent confrontés à de nombreuses questions au sujet de leur comptabilité. En 2025, Pennylane propose des plans sans engagement à partir de 14 € HT/mois et offre un essai gratuit de 15 jours.

Avantages :

  • plateforme tout-en-un 
  • assistance technique performante
  • nombreuses intégrations possibles
  • offre d’essai disponible

Inconvénients :

  • pas de gestion du stock intégrée
  • fonctionnalités limitées sans accompagnement comptable

5. sevdesk

sevdesk est une solution de comptabilité mobile destinée aux PME. Elle permet de sauvegarder et de scanner rapidement vos documents. Les utilisateurs peuvent envoyer des offres et des factures en français grâce à SevDesk. Le logiciel s'intègre également avec Finom pour offrir davantage de fonctionnalités. Les utilisateurs peuvent créer des articles, gérer différentes devises et bénéficient d'une reconnaissance automatique de leurs factures.

SevDesk inclut des fonctions avancées telles que l’envoi de reçus par e-mail, la conversion de devises étrangères et la connexion avec le compte bancaire. Il propose en outre la gestion des centres de coûts, un livre de caisse intégré, la comptabilité des actifs et des amortissements, ainsi qu’un module complet de gestion des stocks.

Avantages :

  • interface ergonomique
  • 100 % dématérialisé
  • intégration avec Finom

Inconvénients :

  • encore peu répandu en France

6. iPaidThat

Lancé en 2017, iPaidThat est un logiciel français de comptabilité, de facturation, de suivi des notes de frais et de la trésorerie. Après deux levées de fonds, le logiciel se place aujourd’hui parmi les concurrents sérieux d’acteurs majeurs du marché, comme Sage.

Avantages :

  • technologie de pré-comptabilité intelligente
  • simplicité d’utilisation
  • nombreuses fonctionnalités

Inconvénients :

  • prix évolutif en fonction du nombre de factures gérées légèrement supérieur à la concurrence

7. Axonaut

Axonaut est une start-up toulousaine 100 % française qui a déjà séduit plus de 140 000 d'utilisateurs. Sa mission est de fournir aux petites entreprises un outil simple et pratique pour leur comptabilité quotidienne. Le logiciel peut également être utilisé facilement par les entrepreneurs individuels, même sans comptable. Axonaut se démarque par son interface intuitive, ses nombreuses fonctionnalités et sa facilité d'utilisation.

Avantages :

  • outil simple et intuitif avec un guide pratique clair
  • nombreuses fonctionnalités disponibles
  • excellente assistance aux utilisateurs

Inconvénients :

  • période d'essai de 15 jours seulement
  • prix plutôt élevé par rapport aux concurrents

8. EBP

EBP est un acteur majeur du secteur des logiciels de comptabilité. Il propose une solution idéale pour rationaliser les processus comptables des petites entreprises. Il permet à l'utilisateur de sélectionner la saisie adaptée à ses besoins et d’aligner ses comptes bancaires avec sa comptabilité.

Avantages :

  • logiciel complet avec de nombreuses options comptables
  • soutien rapide et compétent
  • peu coûteux
  • répond aux besoins des petites et moyennes entreprises

Inconvénients :

  • interface datée
  • fonctionnalités avancées en supplément

9. Cegid

Cegid est un créateur de solutions de gestion innovantes pour les entrepreneurs individuels, les PME et les grandes entreprises. La solution Cegid XRP Flex, pour les petites et moyennes entreprises, permet la tenue d'une comptabilité générale, analytique et budgétaire. Elle assure également le suivi des paiements clients et fournisseurs, des taxes, de la trésorerie et des prévisions.

Avantages :

  • interface intuitive utilisant les dernières normes web
  • intégration facile avec des solutions tierces

Inconvénients :

  • prix non communiqués publiquement/devis requis

Pourquoi utiliser un logiciel de comptabilité pour les PME et les TPE ?

Les logiciels comptables sont avantageux pour de nombreuses raisons :

  • Gain de temps : un logiciel de comptabilité automatise les opérations répétitives comme la saisie de données, la génération de rapports et les rapprochements bancaires.
  • Réduction des erreurs : ces outils réduisent les erreurs humaines et garantissent la fiabilité et la conformité des enregistrements financiers.
  • Centralisation des données : ce type de logiciel vous permet de gérer l’intégralité de votre comptabilité depuis un même espace. Il centralise les données, les justificatifs et les factures, facilitant la gestion et le suivi de vos finances.
  • Conformité légale : en utilisant un logiciel agréé, vous êtes assuré que votre comptabilité respecte les normes en vigueur (seuils de chiffre d’affaires, TVA, mentions obligatoires, etc.).
  • Sécurité des données comptables : les logiciels de comptabilité assurent la protection de vos données, grâce à des sauvegardes régulières, des accès sécurisés et un système de récupération en cas de problème.
  • Visibilité financière et suivi de performance : vous pouvez accéder en temps réel à vos données financières, vous permettant ainsi de prendre des décisions stratégiques éclairées.
  • Réduction des coûts : les logiciels comptables peuvent sauver de nombreuses heures de comptabilité manuelle. Ils permettent ainsi de réduire les coûts associés.
  • Accessibilité : ces logiciels ont été développés spécifiquement pour une prise en main rapide par des non-comptables.
En savoir plus sur le service de facturation gratuit

Quels modules doit contenir un logiciel pour les PME et les TPE ?

Voici un aperçu des fonctionnalités clés des logiciels de comptabilité pour petites entreprises :

  • Facturation : simplifiez le processus de facturation en créant et en envoyant facilement factures, devis et avoirs. Certains logiciels vous permettent également de mettre en place des relances automatiques.
  • Suivi des revenus et des dépenses : permet de catégoriser vos encaissements et vos dépenses pour mieux gérer votre trésorerie. Sur certains outils, vous pouvez numériser vos reçus pour simplifier la gestion des dépenses.
  • Rapprochement bancaire : la connexion du logiciel à vos comptes bancaires permet de rapprocher automatiquement les écritures comptables avec les mouvements bancaires. Cela réduit les risques d’oubli et d'erreur.
  • Rapports financiers : des analyses détaillées des principaux indicateurs financiers, notamment sur les pertes et les profits, la trésorerie et les bilans.
  • Conformité fiscale : les logiciels de comptabilité peuvent vous aider à calculer votre TVA, vos impôts et à générer les documents requis. Vous évitez ainsi les erreurs de déclarations fiscales.
  • Tableaux de bord : certains logiciels permettent d’avoir une vision globale des finances et de la comptabilité d’une entreprise grâce à des tableaux de bord.
  • Gestion des dépenses en temps réel : notamment pour les déplacements et les notes de frais. C’est un point essentiel si votre équipe ou vous-même êtes amenés à vous déplacer fréquemment.
  • Gestion de la paie : permet de calculer les salaires, les heures supplémentaires, les cotisations sociales et fiscales. Les tâches peuvent être automatisées, représentant un gain de temps considérable.
  • Intégrations : certains logiciels vous permettent de transférer des données automatiquement avec d’autres outils (CRM, e-commerce, etc.). Cela évite les saisies répétées et réduit les erreurs de transcription.
  • Gestion des stocks : ce module permet de suivre les niveaux de stock en temps réel, gérer les entrées/sorties et de recevoir des alertes si des réapprovisionnements sont nécessaires.
  • Gestion des immobilisations : pour gérer les immobilisations financières et corporelles de votre société, calculer les amortissements ou enregistrer les dotations comptables.

Certaines de ces fonctionnalités sont presque toujours intégrées aux logiciels comptables. D’autres, comme la gestion de la paie et des stocks, sont optionnelles. Prenez donc en compte les fonctionnalités incluses avant de choisir votre logiciel.

Quels sont les critères de choix d'un logiciel de comptabilité pour les PME et les TPE ?

De nombreux éléments sont à prendre en compte pour choisir un logiciel de comptabilité pour les PME. L’ancienneté du logiciel sur le marché, sa notoriété, sa reconnaissance générale et les avis des utilisateurs sont un bon point de départ.

Mais, pour choisir le logiciel le plus adapté à vos besoins, il vous faudra vérifier qu’il intègre bien les fonctionnalités indispensables à votre entreprise. Voici les points à considérer :

  • création de devis et de factures
  • suivi de la trésorerie
  • export des écritures comptables
  • gestion de la TVA
  • connexion de ses comptes bancaires
  • ergonomie de l’interface et facilité d’utilisation
  • rapport qualité/prix
  • version web, de bureau ou mobile avec application
  • fonctionnalités supplémentaires (stock, paie, CRM, etc.)
En savoir plus sur Finom

4 conseils pour bien choisir son logiciel comptable pour PME

Voici 4 conseils essentiels pour choisir un logiciel comptable performant, fiable et adapté aux besoins de votre PME, sans vous ruiner.

Identifier un logiciel adapté à la taille de votre structure

Il existe plusieurs catégories de logiciels comptables :

  • Logiciels comptables pour TPE : ils sont avant tout conçus pour les indépendants, les micro-entreprises et les TPE souhaitant gérer facilement leur comptabilité. Ils proposent des fonctionnalités basiques, comme la création de devis et la centralisation de la facturation.
  • Logiciels comptables pour PME : ils permettent de gérer toute la comptabilité de la PME en interne, y compris les déclarations de TVA et la liasse fiscale. Ils sont également standardisés, mais avec plus de fonctionnalités qu’un logiciel pour TPE.

Choisir un logiciel adapté à vos besoins et à votre secteur d’activité

Certains logiciels comptables pour PME se spécialisent par « métier », avec des fonctionnalités adaptées au secteur d’activité (professions libérales, commerçants, artisans, etc.). Identifiez les besoins réels de votre entreprise et concentrez-vous sur les fonctionnalités qui vous seront véritablement utiles.

Anticiper les besoins futurs

Les besoins en gestion comptable d’une entreprise peuvent être limités au début, mais évoluer avec sa croissance. Les besoins futurs peuvent inclure des solutions de gestion des ressources humaines et de la paie, la gestion des stocks ou des immobilisations. Lorsque vous choisissez un logiciel comptable pour PME, vous prenez une décision qui vous suivra pendant plusieurs années.

Tester différentes solutions de gestion

Vous avez la possibilité de tester différents logiciels avant de choisir celui qui vous convient le mieux. Certains fournisseurs proposent des versions d’essai gratuites, vous permettant de vous familiariser avec l’interface et les différentes fonctionnalités disponibles.

FAQ

Quel est le logiciel de comptabilité le plus simple ?

Les Google Sheets peuvent parfois suffire lorsque vous démarrez votre activité. Si vous recherchez un logiciel de comptabilité simple et intuitif, avec des fonctionnalités intéressantes, alors Axonaut est une très bonne option. Il intègre toutes les fonctions essentielles dont une PME en croissance a besoin, dont la facturation, la comptabilité et le suivi de trésorerie.

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité ?

Le meilleur logiciel de comptabilité dépend des besoins de l'entreprise, de sa taille, de son budget et de la facilité d'utilisation désirée. Sage se distingue par sa structure puissante et complète, mais son utilisation est plus complexe et peut nécessiter une formation. SevDesk offre un suivi comptable simplifié et intègre Finom pour des fonctionnalités supplémentaires. Pennylane est une plateforme tout-en-un, idéale pour les PME travaillant avec un expert-comptable. Axonaut mise sur la simplicité, avec un bon équilibre entre les outils de base. Cegid et EBP sont reconnus pour leur flexibilité et s’adaptent aux entreprises aux besoins spécifiques.

Quel est le logiciel le plus utilisé en comptabilité ?

Sage est l'un des logiciels de comptabilité les plus utilisés historiquement en France, avec plus de 2 millions d'utilisateurs quotidiens. Cependant, sa popularité ne signifie pas qu'il est nécessairement le meilleur pour tous. Selon les besoins spécifiques de votre entreprise et sa forme juridique, un autre logiciel comptable pourrait être plus adapté.

Les articles suivants pourraient également vous intéresser :

Derniers articles