Arrêt maladie auto-entrepreneurs : plafonds et démarches en 2026

L’arrêt maladie des auto-entrepreneurs représente un vrai défi : perte de revenus, contraintes administratives et inquiétude pour l’activité. Découvrez les indemnités disponibles, les conditions à respecter et les bonnes pratiques pour protéger votre entreprise en cas d’arrêt.

Comprendre l'arrêt maladie pour les auto-entrepreneurs

L’arrêt maladie pour les auto-entrepreneurs désigne une période où le travailleur indépendant ne peut pas exercer son activité pour raison de santé. Il peut percevoir des indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale, sous conditions.

Chaque mois, les auto-entrepreneurs versent des cotisations sociales à l’URSSAF, ce qui leur permet de bénéficier d’une protection sociale. Pour les travailleurs indépendants, les indemnités journalières sont distinctes de la mutuelle. Cette dernière complète uniquement les remboursements de frais de santé.

Voici les différences entre salariés et auto-entrepreneurs : 

Conditions pour bénéficier des paiements d’arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur

Pour prétendre au versement d’indemnités lors d’arrêt maladie, les travailleurs indépendants doivent respecter certaines exigences. Les conditions et les modalités pour être indemnisé peuvent varier en fonction du secteur d’activité, mais incluent toujours : 

• L’entrepreneur doit justifier une affiliation continue d’au moins 12 mois pour son activité.
• L’entrepreneur doit être temporairement dans l’incapacité de continuer ou de reprendre son activité professionnelle pour des raisons de santé.
• L’entrepreneur doit disposer d’un arrêt de travail délivré par son médecin traitant afin de prouver son incapacité à exercer son activité professionnelle.
• L’entrepreneur doit arrêter de travailler.

Dans le cas où vous avez changé d’activité au cours des 12 derniers mois, il est possible d’être indemnisé en maintenant les droits de son activité précédente, en respectant certaines conditions. Si vous êtes dans cette situation, il est important de se rapprocher de sa caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous êtes compatible au maintien des droits.

Artisans et commerçants

Les auto‑entrepreneurs qui exercent une activité artisanale ou commerciale peuvent percevoir des indemnités journalières en cas d’arrêt maladie. Mais pour cela ils doivent remplir les conditions suivantes :

• être affilié à la Sécurité sociale des indépendants depuis au moins 12 mois
• avoir un CA annuel moyen ≥ 10 % du PASS 2026 (soit 4 582 €)
• fournir un certificat médical

Le calcul des IJ se fait sur le RAAM (revenu annuel moyen sur 3 ans) à raison de 1/730ᵉ du RAAM, avec un plafond de 65,84 € par jour en 2026.

Le délai de carence est de 3 jours (versement à partir du 4ᵉ jour), sauf pour les affections de longue durée (ALD).

Durée maximale de versement :

• 360 jours sur 3 ans si l’activité est à temps complet et qu’il ne s’agit pas d’une ALD
• 3 ans si l’arrêt concerne une affection de longue durée (ALD)

Les paiements sont effectués par la CPAM environ tous les 15 jours.

Par exemple, un boulanger malade transmet son certificat médical à la caisse pour déclencher le versement des IJ. Leur durée et leur montant dépendent de son RAAM et de son régime.

Professions libérales

Les auto‑entrepreneurs exerçant une profession libérale, réglementée ou non, peuvent bénéficier des indemnités journalières si :

• Ils sont affiliés à la CIPAV depuis au moins 12 mois.
• Leur RAAM est supérieur à 10 % du PASS (soit 4 582 € en 2026).
• Ils fournissent un certificat médical pour attester de leur incapacité à travailler.

Les IJ sont calculées sur le RAAM (1/730ᵉ du revenu annuel moyen), avec un plafond de 65,84 € par jour. Le délai de carence est de 3 jours, sauf pour les affections de longue durée (ALD). Le versement est effectué de manière périodique par la CIPAV selon les cotisations passées et la durée d’affiliation.

Prenons un exemple : une architecte indépendante transmet son certificat médical à la CIPAV. Cette dernière détermine le montant et la périodicité des indemnités journalières.

À savoir : la CIPAV est la caisse de protection sociale obligatoire pour certaines professions libérales réglementées, comme les ostéopathes, moniteurs de ski ou architectes.

Auto-entrepreneurs et salariés

Si un auto-entrepreneur cumule une activité salariée, il peut percevoir les indemnités journalières de chaque activité séparément. Chaque régime a ses propres conditions :

• Activité salariée (régime général) : arrêt de moins de 6 mois nécessite au moins 150 h travaillées sur 90 jours.
• Activité salariée (régime général) : arrêt de 6 mois ou plus nécessite au moins 600 h travaillées sur 12 mois.
• Activité salariée (régime général) : délai de carence de 3 jours.
• Activité salariée (régime général) : montant maximal des IJ 51,70 €/jour.
• Activité auto‑entrepreneuriale (régime SSI) : IJ calculées sur le RAAM, plafonnées à 65,84 €/jour, délai de carence 3 jours.

Chaque régime peut verser les indemnités si ses propres conditions sont respectées.

Prenons un exemple : un consultant informatique auto‑entrepreneur transmet son certificat médical à la CPAM pour percevoir ses IJ. Ses droits salariés peuvent également être activés en fonction de ses heures cotisées.

Montant et durée des paiements d’arrêt maladie pour les auto-entrepreneurs

Le calcul des indemnités journalières lors d’arrêt maladie de l’auto-entrepreneur peut être différent en fonction de l’activité qu’il exerce. Découvrez les calculs à effectuer pour les artisans, commerçants, ou professionnels libéraux, ainsi que la durée maximale des paiements.

Calcul des indemnités pour les commerçants et artisans

Les auto‑entrepreneurs commerçants et artisans peuvent bénéficier d’indemnités journalières. Elles sont égales à 1/730ᵉ de leurs revenus professionnels annuels moyens sur les 3 dernières années.

Pour les artisans et les commerçants sous le régime de la micro-entreprise, le revenu d’activité annuel moyen (RAAM) correspond au CA moins l’abattement forfaitaire dont bénéficie l’entrepreneur. L’abattement forfaitaire du régime de la micro-entreprise est le suivant pour 2026 :

• 71 % pour les activités de vente (BIC)
• 50 % pour les prestations de services de la catégorie BIC

Les indemnités peuvent être versées à partir de revenus annuels moyens qui correspondent à 10 % du PASS 2026, soit environ 4 582 €. Cela signifie que le montant minimum des indemnités journalières est de 6,58 € bruts. Les indemnités ne peuvent pas dépasser le plafond annuel de la sécurité sociale (PASS 2026) qui est de 48 060 €. Cela représente une indemnisation maximale par jour de 65,84 € bruts, et ce, même si vos revenus annuels moyens sont supérieurs au PASS.

Exemple : Marie, décoratrice d’intérieur

Imaginons que Marie a généré les chiffres d’affaires suivants sur 3 ans :

• 2025 : 30 000 €
• 2024 : 15 000 €
• 2023 : 20 000 €

1. Calcul du chiffre d’affaires moyen : (30 000 +15 000 + 20 000) / 3 = 21 666 €
2. Application de l’abattement forfaitaire (50 %) : 21 666 x 50 % = 10 833 € (RAAM)
3. Calcul des indemnités journalières : 10 833 / 730 = 14,83 €

Marie percevra donc 14,83 € (bruts) par jour en cas d’arrêt maladie.

Calcul des indemnités pour les professionnels libéraux

Tout comme pour les artisans et les commerçants, les professionnels libéraux qui exercent en micro-entreprise peuvent bénéficier d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie. Le principe reste le même : l’indemnité journalière est calculée en appliquant 1/730ᵉ du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) sur les 3 dernières années civiles précédant l’arrêt.

Pour les professions libérales, le RAAM se calcule à partir du CA moyen sur 3 ans, après application d’un abattement forfaitaire de 34 % pour la catégorie BNC (bénéfices non commerciaux) : RAAM : (CA moyen sur 3 ans) x (1 - 0,34)

Les plafonds 2026 pour l’IJ dépendent de l’affiliation : 

• Affiliés CIPAV : le RAAM pris en compte peut être plafonné à trois fois le PASS 2026. Cela représente 144 180 €, soit une IJ maximale de 197,51 € par jour.
• Non affiliés CIPAV : les IJ sont comprises entre ≈ 6,58 € (10 % du PASS 2026) et ≈ 65,84 € par jour (plafond PASS 2026). C’est la même chose que pour les artisans et les commerçants

À savoir : le montant minimum d’indemnité correspond à 10 % du PASS 2026, soit ≈ 4 806 € de RAAM. En dessous de ce seuil, aucune indemnité n’est versée.

Exemple : Paul, architecte

Supposons que Paul, architecte auto‑entrepreneur, ait réalisé les CA suivants :

• 2025 : 90 000 €
• 2024 : 80 000 €
• 2023 : 90 000 €

1. Calcul du chiffre d’affaires moyen : (90 000 + 80 000 + 90 000) / 3 = 86 667 €
2. RAAM après abattement forfaitaire (34 %) : 86 667 x 0,66 = 57 200 €
3. Calcul de l’indemnité journalière : 57 200 / 730 = 78,36 €

Paul va donc percevoir environ 78,36 € (bruts) par jour. Cela reste inférieur au plafond CIPAV 2026 de 197,51 €, et supérieur au minimum de 6,58 € par jour applicable pour un RAAM très faible.

Quelle est la durée de l'indemnisation ?

La durée maximale des versements d’IJ dépendent de votre régime social.Pour une affiliation au régime général de Sécurité sociale, les durées sont les suivantes : 

• 360 jours au total sur une période glissante de 3 ans ;
• 90 jours s’il s’agit d’un temps partiel thérapeutique, sur une période glissante de 3 ans ; 
• 3 ans pour les affections ou soins de longue durée (ALD ou SLD) sur une période de 4 ans, ou bien 270 jours s’il s’agit en cas de mi-temps.

Pour une affiliation à la CIPAV, la durée est de 90 jours maximum, avec un délai de carence de 3 jours inclus. Cela représente 87 jours d’indemnisation effective. Dans tous les cas, un délai de carence de 3 jours s’applique entre le début de l’arrêt de travail et le versement des IJ. Pour que les indemnités soient versées, l’arrêt doit durer au minimum 7 jours.

Certaines situations particulières permettent de supprimer le délai de carence :

• prolongation d’un arrêt existant pour le même problème de santé
• grossesse pathologique

Procédure de demande d’indemnités d’arrêt maladie pour les auto-entrepreneurs

Avant toute chose, votre incapacité de travail doit être prouvée avec l’obtention d’un arrêt de travail. Celui-ci doit être demandé à votre médecin et vous l’obtiendrez si ce dernier estime que vous n’êtes pas en mesure de travailler dans votre état de santé actuel. Le certificat peut s’obtenir de deux manière :

• Arrêt de travail en ligne : la prescription d’arrêt de travail peut être effectuée en ligne par votre médecin. Dans ce cas de figure, les données seront généralement transmises à la CPAM de manière automatique. En cas de télétransmission, l’auto-entrepreneur ne reçoit qu’une seule feuille de l’arrêt.
• Arrêt de travail papier : si la prescription a été effectuée par votre médecin au format papier, il est nécessaire de transmettre les volets 1 et 2 du certificat à votre caisse primaire d'assurance maladie. Le volet 3 n’est pas nécessaire pour la demande d’indemnités maladie des auto‑entrepreneurs.

Peu importe la durée de l’arrêt de travail, les démarches doivent être effectuées dans les 48 heures suivant la prescription pour pouvoir bénéficier des indemnités. Quelques conditions doivent également être suivies comme respecter les heures de présence à domicile obligatoire et stopper réellement votre activité pour la durée de l’arrêt maladie.

Vous souhaitez suivre les actualités de Finom ? Abonnez-vous à notre newsletter mensuelle pour rester informé des dernières nouveautés !

En cliquant sur “→”, vous reconnaissez avoir lu et accepté nos conditions générales d'utilisation.

FAQ

Peut-on être en arrêt maladie et travailler comme auto-entrepreneur ?

Non, pendant un arrêt maladie, l’auto‑entrepreneur doit suspendre son activité professionnelle. Travailler pendant l’arrêt maladie peut entraîner le refus des indemnités journalières par la CPAM.

Combien touche un auto-entrepreneur en arrêt maladie ?

L’indemnité journalière correspond à 1/730ᵉ du revenu annuel moyen des trois dernières années. En 2026, le minimum est d’environ 6,58 € avec un plafond de 65,84 € par jour.

Les articles suivants pourraient également vous intéresser :

• Gagner de l’argent sur Internet : top 35 des meilleurs moyens
• Comment remplir un chèque : guide pas à pas
• Solde de tout compte : comprendre et gérer votre départ d'emploi
• Comment gagner de l'argent avec Amazon depuis chez soi facilement
• Tout sur la déclaration DAS2 : seuil, montant, date limite et notice