Le contrôle fiscal des entreprises est une étape redoutée, mais incontournable de la vie d’une société. Il s’agit d’un processus par lequel l’administration vérifie la conformité des déclarations fiscales. Mieux comprendre ses enjeux permet de mieux s’y préparer et de limiter les risques.

Contenu

Qu’est-ce qu’un contrôle fiscal et quel est son objectif ?

Le contrôle fiscal est une procédure mise en œuvre par l’administration pour vérifier si les déclarations (TVA, impôt sur les sociétés, CFE, etc.) correspondent bien à la réalité de l’activité économique. L’objectif n’est pas de sanctionner à tout prix, mais de s’assurer que chaque entreprise contribue de manière juste au financement public. En cas d’erreurs, le contrôle permet aussi de les corriger.

Le contrôle fiscal peut concerner :

  • La cohérence des déclarations de chiffre d'affaires,
  • Le calcul et le paiement des impôts,
  • La conservation des pièces comptables,
  • La justification de certaines dépenses ou exonérations.

En France, le contrôle fiscal est encadré par le Code général des impôts. Il s'agit d’un droit reconnu à l’administration fiscale, qui peut intervenir de manière ponctuelle ou programmée.

Quelle est la différence entre un contrôle fiscal et une enquête fiscale ?

Ces deux procédures sont bien distinctes :

  • Le contrôle fiscal est une vérification administrative. Il repose sur un échange entre l’administration et l’entreprise. Vous pouvez y répondre, apporter des justificatifs, corriger certaines erreurs.
  • L’enquête fiscale, en revanche, intervient lorsqu’il existe des soupçons de fraude avérée. Elle est plus intrusive, peut être menée de façon discrète et faire intervenir d’autres autorités (comme la police fiscale). Son objectif est d’établir des faits graves.

Qu'est-ce qui déclenche un contrôle fiscal ?

Une entreprise peut faire l’objet d’un contrôle fiscal pour de nombreuses raisons. Contrairement à une idée reçue, ces contrôles ne sont pas toujours aléatoires. Les principaux déclencheurs d’un contrôle fiscal sont :

  • Incohérence entre les déclarations fiscales et les données connues de l’administration : cela peut concerner, par exemple, une déclaration de chiffre d’affaires incompatible avec des informations transmises par des tiers.
  • Erreurs répétitives dans les déclarations d’impôt : des erreurs fréquentes ou des rectifications systématiques peuvent susciter la méfiance de l’administration.
  • Absence ou dépôt tardif des déclarations fiscales : le retard ou l’omission dans la déclaration de la TVA collectée et TVA déductible, de l’impôt sur les sociétés ou de toute autre obligation fiscale.
  • Fluctuations anormales des revenus : si les chiffres varient fortement d’une année sur l’autre sans explication cohérente.
  • Contrôle d’un partenaire commercial ou d’un associé : si une entreprise liée (par contrat, capital ou activité) fait l’objet d’un contrôle, cela peut indirectement vous concerner.
  • Détention d’un compte bancaire à l’étranger : la non-déclaration d’un compte à l’étranger ou la présence d'opérations internationales suspectes attirent l’attention.
  • Niveau de vie supérieur aux revenus déclarés : un chef d’entreprise qui mène un train de vie élevé alors que le chiffre d’affaires ou la performance financière de la société semblent faibles.
  • Rotation inhabituelle des stocks : cela peut indiquer une sous-déclaration d’activité. Par exemple, une boutique de vêtements qui continue de commander des produits, mais déclare un chiffre d'affaires très faible, peut indiquer des ventes non déclarées.
  • Autres anomalies : toute information jugée incohérente ou suspecte dans les déclarations, les écritures comptables ou les documents transmis peut déclencher un contrôle.

L’administration n’a pas à justifier son choix auprès de l’entreprise. 

Les types de contrôle fiscal en France

En France, l’administration fiscale dispose de plusieurs moyens pour contrôler les entreprises. Ces contrôles diffèrent selon leur nature : le contrôle fiscal interne désigne un examen effectué à distance par l’administration. À l’inverse, un contrôle externe implique un déplacement sur place, comme les vérifications de comptabilité ou les contrôles physiques des locaux de l'entreprise.

Le contrôle fiscal s’applique également aux activités internationales d’une entreprise française. Celle-ci doit déclarer ses activités à l'étranger, notamment si elle possède des filiales, des comptes bancaires hors de France, ou si elle réalise des opérations internationales.

Contrôle fiscal sur pièces (ou contrôle de bureau)

C’est le contrôle le plus courant. Il est effectué sans prévenir, directement dans les bureaux de l’administration fiscale. Les agents examinent les déclarations fiscales transmises (TVA, IS, CVAE…) et les comparent avec d’autres données en leur possession.

Ce contrôle est souvent invisible pour l’entreprise. Si quelque chose interpelle, un courrier peut vous être adressé pour demander des justificatifs.

Contrôle fiscal sur place

Ce type de contrôle se déroule dans les locaux de l’entreprise. Il est plus approfondi, car il permet à l’administration d’accéder à l’ensemble de la comptabilité sur site. Il peut durer plusieurs jours, voire plusieurs semaines. Le plus souvent, vous en êtes informé par un avis de vérification.

Vérification de comptabilité

C’est une forme particulière de contrôle sur place. Elle concerne les entreprises soumises à une comptabilité obligatoire (commerçants, sociétés, professions libérales, etc.). 

L’administration peut également procéder à des recoupements avec les factures, les contrats, les relevés bancaires, etc. 

Examen contradictoire de la situation fiscale personnelle (ESFP)

Bien qu’il vise les particuliers, ce type d’examen peut concerner un chef d’entreprise ou un dirigeant lorsqu’il y a un doute entre ses revenus déclarés et son train de vie. L’administration cherche alors à vérifier la cohérence entre les revenus personnels et le niveau de vie réel.

Existe-t-il un contrôle fiscal auto-entrepreneur spécifique ?

Les micro-entrepreneurs peuvent aussi faire l’objet d’un contrôle fiscal. Cela dit, les contrôles sont souvent plus simples et moins lourds que pour une entreprise classique, car la comptabilité attendue est allégée.

Un auto-entrepreneur doit :

Le contrôle fiscal des auto-entrepreneurs est plus rapide et moins intrusif. L’administration se concentre principalement sur le chiffre d’affaires déclaré et la régularité des déclarations, sans vérifier l’ensemble de la comptabilité.

Le délai pour un contrôle fiscal

L’administration fiscale ne peut pas contrôler une entreprise à n’importe quel moment ni revenir indéfiniment sur le passé. La loi encadre les délais dans lesquels un contrôle peut avoir lieu : on parle de délai de prescription. 

Dans la majorité des cas, l’administration dispose d’un délai de trois ans pour effectuer un contrôle fiscal. Certains cas permettent à l’administration d’allonger ce délai :

  • En cas de manœuvres frauduleuses ou d’abus de droit fiscal, le délai passe à six ans.
  • Si l’entreprise n’a pas déclaré une activité, le fisc peut intervenir pendant dix ans.

Il n’existe pas de durée fixe pour un contrôle, mais des limites sont posées. Pour une vérification de comptabilité dans une PME, l’intervention sur place ne peut pas dépasser trois mois, sauf exceptions. Pour les grandes entreprises ou les cas complexes, la durée peut être prolongée ou se faire en plusieurs phases.

Même si une entreprise a cessé son activité, elle peut encore faire l’objet d’un contrôle fiscal. Le délai de prescription continue à courir normalement.

La procédure d’un contrôle fiscal des entreprises

Un contrôle fiscal ne commence pas du jour au lendemain sans prévenir. L’administration vous informe, vous laisse la possibilité de vous organiser et d’être accompagné si besoin. L’entreprise peut se faire assister par un professionnel : expert-comptable, avocat fiscaliste, responsable administratif ou financier… mais ce n’est pas obligatoire.

1. Notification officielle du contrôle fiscal

La première étape est l’envoi d’un avis de vérification qui précise :

  • La période concernée par le contrôle,
  • Le type d’impôt vérifié (TVA, IS, etc.),
  • Le nom de l’inspecteur chargé du dossier,
  • Vos droits.

Ce courrier marque le début officiel de la procédure.

2. Premier contact avec l’inspecteur en charge du contrôle fiscal

L’inspecteur prend généralement contact avec l’entreprise pour fixer un rendez-vous. Ce premier échange permet de définir :

  • Les modalités du contrôle,
  • Les documents à rassembler,
  • Les interlocuteurs principaux dans l’entreprise.

3. Le contrôle fiscal sur place

Dans le cas d’une vérification de comptabilité, l’inspecteur se déplace physiquement, mais peut aussi demander l’envoi de certains fichiers (notamment le FEC : Fichier des Écritures Comptables).

Pendant cette phase, l’administration va passer en revue :

  • La comptabilité générale et analytique,
  • Les factures clients et fournisseurs,
  • Les relevés bancaires,
  • Les déclarations fiscales précédentes,
  • Les contrats, bulletins de paie, inventaires de stock.

Tous les éléments sont comparés aux déclarations fiscales. Des pièces justificatives complémentaires peuvent être demandées. Il est important de les fournir dans les délais pour éviter toute suspicion de dissimulation.

L’inspecteur peut poser des questions, demander des explications ou organiser des entretiens. Ces échanges permettent de clarifier certains points.

4. Fin du contrôle fiscal

À la fin du contrôle, l’administration adresse :

  • Soit une proposition de rectification. Vous aurez alors un délai pour répondre (en général 30 jours) et présenter vos observations.
  • Soit une lettre d’absence de rectification.

Dans tous les cas, un document écrit vous informe de la clôture du contrôle.

Bien préparer son entreprise pour un contrôle fiscal

Il ne s’agit pas seulement de réagir quand le contrôle fiscal commence, mais aussi de mettre en place des bonnes pratiques tout au long de l’année.

La première condition pour faire face à un contrôle fiscal, c’est de tenir une comptabilité rigoureuse, c’est-à-dire :

  • Enregistrer les opérations sans retard ni oubli,
  • Conserver les justificatifs (factures, contrats, relevés bancaires…),
  • Éviter les erreurs de saisie ou les approximations,
  • Respecter les règles de facturation et de numérotation,
  • Produire un fichier des écritures comptables (FEC) si vous êtes soumis à une comptabilité complète.

En cas de contrôle fiscal, l’accompagnement par un expert-comptable ou un avocat fiscaliste est recommandé. Ces professionnels maîtrisent les procédures, préparent les documents nécessaires et assurent le dialogue avec l’administration, notamment en cas de redressement ou de suspicion de fraude.

Avant même l’intervention de l’inspecteur, il convient de préparer l’ensemble des pièces susceptibles d’être sollicitées :

  • Les déclarations fiscales (IS, TVA, CFE, etc.) sur la période visée,
  • Le grand livre comptable et le FEC,
  • Les pièces justificatives : factures clients/fournisseurs, contrats, bulletins de paie, relevés bancaires, tableaux d’amortissement,
  • Les documents juridiques : statuts, PV d’assemblée, baux, etc.

Se préparer, c’est aussi informer les équipes concernées, particulièrement le service comptable ou administratif.

Que se passe-t-il après l'inspection lors d’un contrôle fiscal en France ?

Une fois le contrôle fiscal terminé, plusieurs situations peuvent se présenter. Si des anomalies ou irrégularités sont constatées, l’administration envoie une proposition de rectification avec les points contestés et le montant du redressement envisagé. L’entreprise dispose alors d’un délai de 30 jours (prorogeable une fois) pour accepter les rectifications ou formuler des observations pour les contester. 

Si l’entreprise estime que le redressement n’est pas fondé, elle peut utiliser plusieurs recours :

  1. Recours hiérarchique : saisir le supérieur de l’inspecteur pour un nouvel examen.
  2. Recours devant la commission départementale des impôts (en cas de désaccord sur des points techniques).
  3. Réclamation contentieuse auprès de l’administration fiscale.
  4. Recours devant le juge administratif ou judiciaire, si aucune solution n’a été trouvée.

Il est recommandé d’être accompagné d’un avocat fiscaliste à ce stade, surtout si les montants en jeu sont importants.

Dans certains cas, l’administration peut proposer un accord amiable, notamment si vous avez partiellement reconnu les faits ou si le désaccord porte sur des interprétations.

En cas de redressement fiscal, l'entreprise peut subir des intérêts de retard jusqu’à 2,4 % par an, des majorations de 10 % à 80 % selon la gravité et des sanctions pénales pouvant aller jusqu’à 500 000 € et cinq ans d'emprisonnement.

Attention, en cas de fraude avérée, de mauvaise foi manifeste, ou d’abus de biens sociaux, la responsabilité du gérant peut être engagée. Il risque des pénalités financières personnelles, une interdiction de gérer, voire des sanctions pénales (amendes, emprisonnement) en cas de fraude caractérisée.

Droit à l’erreur lors d’un contrôle fiscal

Depuis 2018, le droit à l’erreur permet aux entreprises de corriger une irrégularité de bonne foi sans pénalité. Si l’erreur est reconnue spontanément ou sur demande, les majorations peuvent être annulées et les intérêts de retard réduits. Ce droit ne s’applique pas en cas de fraude ou de récidive.

FAQ

Peut-on refuser un contrôle fiscal dans une entreprise ?

Non, une entreprise ne peut pas refuser un contrôle fiscal sans motif valable. Mais, il est possible de demander l'annulation ou le report du contrôle dans certaines situations.

Peut-on demander un report de la date du contrôle fiscal des entreprises ?

Oui, une entreprise peut solliciter un report de la date du contrôle fiscal si elle justifie d'une indisponibilité sérieuse. La demande doit être formulée rapidement après la réception de l'avis de vérification.

Le contrôle fiscal peut-il porter sur plusieurs années en même temps ?

Oui, l'administration fiscale peut contrôler plusieurs exercices fiscaux simultanément. En règle générale, elle peut remonter jusqu'à trois ans en arrière.

 

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